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磐石堡,科研区。
自从班纳特博士来到磐石堡之后,就以极大的热情投入了野火病毒的相关研究。
卡莉斯塔站在实验室的玻璃观察窗外,双手插在口袋里,今天,她正好过来亲眼看看进展。
听说,科研部准备复刻之前从cRm士兵尸体里发现的那种尸变抑制剂。
实验室里,五个人正围在一台显微镜周围,低声争论。
班纳特博士站在最中间,正俯身在显微镜上,一只手调节着焦距旋钮,另一只手在空中比划着,向其他人解释他看到的细胞结构。
“这里,看清楚了吗?”班纳特抬起头,指着旁边显示器上的图像。
显示器上是一张高倍放大的细胞截面图,各种颜色的荧光标记交织在一起,像一幅抽象画。
“这些标记蛋白的排列方式,和抑制剂诱导产生的抗体片段几乎一模一样,只是多了一个甲基化修饰的尾巴。
但这个尾巴不是随便加上去的——你们看这个位置,甲基化位点恰好位于抗体与受体结合的关键区域附近。
这意味着什么呢?
意味着这个修饰不仅延长了抗体在血液中的半衰期,还可能增强了它与靶点的亲和力。”
詹纳博士皱着眉头盯着屏幕,过了好一会儿才开口:“不止是多了一个甲基化尾巴。
你看第三号位点的氨基酸序列,和标准序列相比,有三个碱基对的替换,这是人为设计的。
设计者特意改变了这个位点的电荷分布,目的是减少抗体与非靶标蛋白的非特异性结合。
换句话说,他们不仅想要一个更长效的抑制剂,还想要一个更精准的抑制剂。”
“人为设计?”
马丁·索伦森教授挤到显示器前,眯起眼睛看了一会儿,然后摇了摇头:“不是三个碱基对的替换,是五个,另外两个隐藏在非编码区,但会影响转录效率。
这是一个经过多轮优化的工程产物,设计者对这五个位点的选择非常考究。
每一个替换都经过了能量最小化的计算,以确保蛋白质折叠后的三维结构稳定性。
这需要大量的计算模拟和迭代筛选。”
“五个?”
詹纳博士愣了一下,凑近了重新审视数据,“你说得对,我漏掉了这两个。
但等等——如果非编码区也有突变,那意味着尸变抑制剂的设计团队不仅在蛋白质层面进行了优化,还在RNA转录层面做了文章。
他们可能改造了mRNA的二级结构,以提高翻译效率,或者在转录本中引入了特定的调控元件,使抑制剂的表达可以根据体内需要进行调节。”
“omG!这太疯狂了。”
苏珊博士探过头来,“如果他们在RNA层面也做了优化,那这个抑制剂的设计复杂度就远远超出了我们最初的估计,我们可能需要重新审视整个逆向解析的策略。”
“未必。”班纳特博士摆了摆手,“RNA层面的优化虽然增加了设计的复杂度,但也给我们提供了更多的线索。
每一种调控元件的引入,都对应着一种特定的设计意图。
如果我们能反向推断出他们的设计目标,就能更好地理解整个抑制剂的运作逻辑。”
他走到白板前,拿起一支黑色马克笔,在空白的板面上画了一个大大的长方形框。
“我们来重新梳理一下。
目前我们从cRm士兵的组织样本中分离出了三种主要的生物活性成分。
成分A是核心抗体片段。
负责识别并结合野火病毒的刺突蛋白,阻断病毒进入宿主细胞。
这是我们最熟悉的部分,区别只在于那五个氨基酸替换和甲基化修饰。
成分b是连接片段。
负责将核心抗体片段与功能性片段连接起来,同时确保整个分子的空间构象稳定。
这个部分的设计非常精巧,它包含了一段柔性铰链区,允许两个片段在一定范围内自由旋转,同时又通过一对二硫键限制了过度扭曲。
这种刚柔并济的设计,使得抑制剂在血液循环中能够保持稳定,同时在接近靶点时又能灵活调整姿态。”
班纳特博士接着写下第三条,然后在上面重重地画了一个圈:
“成分c是功能性片段。
这是整个抑制剂的核心创新点,也是我们目前最难啃的骨头。
它的作用是直接干预野火病毒的复制过程,在病毒完成入侵后,阻止其在宿主细胞内组装新的病毒颗粒。
我们分析了它的氨基酸序列,发现它和已知的任何天然蛋白都不匹配。
这是一个全新设计的、人工合成的蛋白质片段。”
“那它的作用机制呢?”米尔顿问。
“我们目前有两种假说。”班纳特博士转过身,在白板上画了一个简化的细胞示意图,
“第一种是,成分c模拟了某种天然存在的细胞周期调控蛋白,能够竞争性地结合病毒复制所需的宿主因子,从而‘饿死’病毒。
第二种是,成分c本身具有酶活性,能够直接降解病毒的核心蛋白。
我更倾向于第一种假说。”
索伦森教授走到白板前,在班纳特的示意图旁边添加了几条化学键的标记,“是的,从我们目前解析的结构数据来看,成分c的表面电荷分布和已知的几种细胞周期蛋白非常相似。
它很可能是一个诱饵,通过模拟宿主蛋白的结构,引诱病毒复制复合体与之结合,从而将病毒的复制机器从真正需要的靶点上引开。”
苏珊指出,“但这意味着我们需要知道它模拟的是哪一种宿主蛋白,否则我们无法验证它的有效性。”
班纳特说,“这正是我们下一步需要解决的问题,而答案,可能就藏在cRm士兵的组织样本里。”
他走向实验室里一间冷藏室,拍了拍玻璃隔断。
这个冷藏室里存放着所有实验材料。
包括之前带回来的橡树岭国家实验室变异体尸体,墨西哥湾海战带回来的cRm没有尸变的几具士兵尸体,以及各种行尸和变异体的尸体。
各类尸体基本已经被分门别类处理过了,拆分成了肌肉、肝脏、肾脏、脊髓、骨髓。
每一份样本都被仔细标记、分装、冷冻,等待着被分析和利用。
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